В выделах, отнесенных к категориям 2-4, необходимо проводить выборочные санитарные рубки и рубки ухода в 5-10-метровой зоне вокруг очагов, антисептирование пней и реконструкцию насаждений. Выделы, отнесенные к категории 5, назначаются в сплошную санитарную рубку.
При проведении санитарных выборочных рубок в первую очередь удаляются сосны, состояние которых оценено в 4—6 баллов. Интенсивность рубки и ее повторяемость зависят от густоты, категории состояния выдела и стадии развития очагов усыхания. В формирующихся и действующих очагах интенсивность рубки выше, чем в затухающих. При реконструкции насаждения удаляется наиболее зараженная часть выдела с полнотой менее 0,4 и полоса шириной до 10 м по границе с оставляемым участком. В очагах усыхания сохраняются устойчивые биогруппы сосны и благонадежный подрост, в том числе и лиственных пород.
После сплошных санитарных рубок запрещено создание на этом участке чистых культур хвойных пород. Участие сосны здесь не должно превышать 30%, рекомендуется также размещение сосны с чередованием ее в ряду с кустарниками, а между рядами — с лиственными породами.
При создании культур ели и пихты на участках, ранее пораженных корневой губкой, примесь ели и пихты не должна превышать 30%. Если насаждение ели или пихты было поражено в сильной степени, на вырубках создаются культуры только из лиственных пород, предпочтительнее на раскорчеванной площади. Согласно санитарным правилам, все рубки в очагах корневой губки и пораженных древостоях проводятся с учетом сроков развития основных стволовых вредителей, которые всегда участвуют в усыхании деревьев, пораженных корневыми гнилями.
При рубках ухода рекомендуется обработка свежесрубленных пней химическими (20%-ными водными растворами мочевины или аммиачной селитры, 1%-ной водной суспензией фундазола) или биологическими препаратами с целью предупреждения их заражения возбудителями корневых гнилей. В первую очередь должны использоваться экологически безопасные биопрепараты, созданные на основе грибов-антагонистов патогенов: пениофоры гигантской, триходермы, окаймленного трутовика. Пни обрабатывают кистью, валиком или путем опрыскивания из ранцевой аппаратуры. Особенно высока приживаемость на пнях главного антагониста корневой губки — пениофоры гигантской.