Семена желтой акации, белой акации, гледичии, лоха можно хранить в мешках или деревянных ящиках с крышками, в сухих амбарах или подвалах. Всхожесть этих семян сохраняется 3—4 года.
Семена клена (остролистного, полевого татарского, ясенелистного), ясеня пушистого, дикой груши, лепной яблони можно хранить в мешках, подвешенных к потолку на железной проволоке (для предохранения от мышей). Лучше всего хранить эти семена, в тех случаях, когда они не идут сразу после сбора в стратификацию, в свежем песке, золе или мелком толченом угле, а семена косточковых пород (вишни, сливы, терна), а также лещины, бука, ореха серого, Черного, манчжурского и грецкого лишь в свежем песке.
Мелкие семена (бересклет, шиповник, жимолость, бирючина) насыпают в ящик тонким слоем, в 2—3 см, а более крупные (лещина, клен) — слоем в 3—5 см и засыпают Слоем песка, равным не менее половины слоя семян. В зависимости от размеров ящика количество слоев семян может быть разное. Ящики помещают в прохладное и хорошо проветриваемое помещение с температурой от 0 до 5°.
Семена березы и ильмовых хорошо просушивают, насыпают рыхло в мешки и подвешивают к потолку на железной проволоке в амбаре или подвале. Семена этих пород можно хранить и в ящиках, но также рыхлым слоем. Таким способом семена ильмовых можно сохранить до осени того же года, а семена березы — в течение 1—2 лет. Еще лучше сохраняют всхожесть семена ильмовых в герметически закрытых бутылях при температуре 4—6° до весны следующего лета.
Семена шелковицы нужно хранить в герметически закрытых бутылях при температуре выше 0°; в этих случаях они не теряют всхожести в течение трех лет.
Особое внимание надо обратить на хранение желудей, так как они при высоких температурах (10—12°) могут высохнуть, при условии достаточной влажности — прорасти, а при температурах минус 1—5° — промерзнуть и потерять всхожесть. Большие количества желудей нужно хранить в ямах или в кучах под пологом леса. В засушливых восточных и юго-восточных районах европейской части СССР, где грунт сухой и подпочвенные воды находятся глубоко, жёлуди можно хранить в ямах.
Для этого выбирают сухое возвышенное место и роют канаву шириной в 1 м и глубиной в 1,5 м с отвесными стенками. Длина может быть до 5 м, в зависимости от количества семян, которое нужно засыпать на хранение. Перед засыпкой желудей дно и стенки ямы обжигают. На дно для вентиляции вертикально ставят колья, обернутые соломенным жгутом, или пучки хвороста, соломы или камыша. Жёлуди засыпают поздно осенью, предварительно отделив поврежденные и гнилые.
На дно ямы сначала насыпают слой песка в 10—15 см, потом слой желудей в 5—8 см, затем опять слой песка и т. д. Верхний слой песка насыпают в 20—25 см, поверх него накладывают листья или солому слоем в 20 см, и сверху прикрывают ее снова песком в виде холмика. Вентиляторы должны выходить на поверхность насыпи. Чтобы не попадала вода в ямы, вентиляторы прикрывают двухскатными крышами или согнутым листовым железом. В тех случаях, когда поблизости песка нет, его можно заменить сухим листом или супесчаной почвой, но не глинистой, так как это ослабляет проветривание желудей. Вокруг ямы, на расстоянии 1 м от нее, делается канавка глубиной и шириной в 0,5 м в целях предохранения желудей от мышей. В яму длиной 1 м можно вместить 500—600 кг желудей.
Лесовод Лотоцкий рекомендует хранить жёлуди в ямах, переслаивая их песком, насыщенным до полной влагоемкости водой. При этом способе вентиляция в ямах не требуется. По отзывам некоторых лесхозов, этот способ дает хорошие результаты.
В южных и юго-западных районах в условиях теплой зимы жёлуди нужно хранить в кучах под пологом леса. Выбирают ровные возвышенное место, не заливаемое весенними водами, и расчищают площадку с таким расчетом, чтобы на 1 м2 оказалось не более 50 кг желудей. Размер этой площадки, таким образом, определяется наличием желудей. Жёлуди насыпают слоем в 5— 6 см и перемешивают их с песком в пропорции 1:2 по объему. При температуре —5° жёлуди накрывают слоем дубовых листьев толщиной в 6—10 см; при морозах 6—7° покрышку из листьев увеличивают до 15 см. Когда морозы начинаются после дождей, покрышку, чтобы не уплотнилась, разрыхляют вилами. Если зима бесснежная или морозы ниже 20°, покрышку листьев увеличивают до 25—30 см. Для этого необходимо иметь запасную кучу листьев.
Сверху листья прикрываются выпадающим снегом, который остается на куче до весны. С наступлением первых признаков весны снег счищают с кучи, покрышку из листьев для облегчения доступа воздуха к желудям разрыхляют и постепенно ее уменьшают, доводя толщину покрывающего слоя до 6—10 см.
Для предохранения желудей от осенних осадков над площадкой с желудями устраивают навес, крышу которого делают из камыша или соломы. Площадку окапывают канавкой глубиной и шириной в 0,5 м.
При хранении желудей в ямах и кучах в целях заражения Их микоризой необходимо пересыпать жёлуди слегка землей, взятой из-под подстилки в дубовых насаждениях.
Хранение желудей в снегу производится так. До выпадения снега жёлуди хранят в сарае рассыпанными слоем в 15—20 см, при наступлении морозов их прикрывают свежей соломой или сеном. Как только выпадет снег, выбирают площадку и на ней утаптывают снег, потом на эту площадку насыпают жёлуди слоем в 10—15 см, потом опять снег, и так делается пять-шесть слоев. Сверху вся куча прикрывается толстым слоем снега до 1 м, который в свою очередь прикрывается соломой.
При заготовке больших партий желудей устраивают специальные хранилища в виде погребов. Такой тип хранилища был устроен в Шиповом лесу Воронежской области.
Весною жёлуди очищают от песка путем просеивания через решето. Потом их тщательно осматривают и гнилые отделяют от здоровых. Только после этой сортировки жёлуди могут высеваться в грунт.