Преимущество использования фитопатогенов для борьбы с сорной растительностью заключается в том, что они представляют собой естественные факторы ограничения численности, безвредные для человека и животных. Два основных критерия определяют успех применения фитопатогенов, как и других микробиологических средств: специфичность и эффективность.
В благоприятных условиях определенные фитопатогены устойчиво сохраняются в биотопе и распространяются, вызывая эпифитотии. Длительность сохранения высокой плотности популяции патогена определяется наличием достаточного количества растений-хозяев. Однако, если численность сорной растительности снижается в результате проведения определенных мероприятий, то сокращается и плотность популяции патогена. На этих предпосылках основана «классическая» стратегия микробиологической борьбы с сорной растительностью, в том числе — с многолетними сорняками вне посевов сельскохозяйственных культур. Для этого преимущественно используют облигатные микроорганизмы с высокой специфичностью, например ржавчинные грибы.
Первый ржавчинный гриб Puccinia putictiformis, syn. Р. suaveolens был использован в 1889 г. в США для борьбы с бодяком полевым Cirsium arvense. В Австралии (1971—1974) использовали выделенный в Италии ржавчинный гриб Puccinia chondrillina для уничтожения завезенной более 50 лет назад из Средиземноморья хондриллы ситниковидной Chondrilla juncea, с которой очень трудно бороться в посевах пшеницы. Патоген активно распространяется и заметно снижает численность хондриллы; он обладает высокой специфичностью и не поражает другие растения из семейства сложноцветных. В настоящее время Р. chondrillina с большим успехом используют в борьбе с сорняками на Западе США (Калифорния, Орегон, Айдахо). Ржавчинные грибы применяют и против других видов сорняков, завезенных в Австралию, например Puccinia xanthu — против видов дурнишника (Xanthium strumarium и X. spinosum) на пастбищах. В США для борьбы со щавелем (Rutnex crispus) используют еще один гриб — Uromyces rumicis.
В заключение следует упомянуть об успешной интродукции ржавчинного гриба Phragmidium violaceum в Чили для уничтожения представителей рода Rubus. В Австралии планируется ввоз этого патогена с той же целью.
Применение таких грибов, которые легко развиваются на искусственных питательных средах и в то же время длительно не сохраняются в естественных условиях, осуществляют на основе концепции «Микогербициды», в соответствии с которой патоген в определенной препаративной форме вносится подобно ядохимикату (при необходимости — повторно). Такая методика особенно пригодна для борьбы с однолетними сорняками в посевах сельскохозяйственных культур.
Первый коммерческий микогербицид был создан в США на основе специфичного штамма Colletotrichum gloeosporioides. Этот гриб, относящийся к несовершенным, применяют против сорняков из сем. бобовых (Aeschynomene virginica) в посевах риса на востоке США при титре суспензии 2·106 конндий/мл и норме расхода 100 л/га. Кроме того, выделен еще один штамм С. gloeosporioides, специфичный по отношению к сорняку Jussiaea decurrens и не поражающий A. virginica. Для уничтожения обоих сорняков в посевах риса указанные штаммы применяют в равных дозах.
Использование грибных препаратов расценивается как перспективное именно на «полуводных» культурах типа риса, в посевах которого сохраняется высокая влажность, необходимая для прорастания спор. Запланировано также применение гриба Colletotrichum malvarum в посевах хлопчатника и сои для борьбы с Sida spinosa.
В Голландии удалось приостановить отрастание после вырубки американской вишни птичьей путем инфицирования пней сравнительно неспецифичными фитопатогенными грибами Stereum purpureum или Nectria cinnabarina. В последнее время изучается возможность борьбы с такими местными сорняками, как марь белая и просо куриное, с помощью фитопатогенных грибов Ascochyta artriplicis и Curvularia sp.
Однако в программу микробиологических методов борьбы включены не только сорняки полей, но и сорная растительность водных бассейнов в тропиках. Особенно важной является борьба с водяным гиацинтом Eichhornia crassipes и гидриллой Hydrilla verticillata. Для гидриллы патогенны виды Pythium и Sclerotium, для водяного гиацинта — Rhizoctonia solani, хотя этот гриб имеет обширный круг хозяев и может поражать водные растения семи семейств. К активным патогенам водяного гиацинта относятся Alternaria eichhorniae, Cephalosporium zonatum и Cercospora rodmanii; эти грибы вызывают пятнистость листьев, приводящую к их отмиранию.
Для подавления синезеленых водорослей Cyanophyceae, вызывающих «цветение» стоячих вод, в СССР (на Украине) уже несколько лет назад были проведены предварительные опыты по испытанию соответствующих вирусов (цианофагов), не давшие особого успеха. Недавно в США (Небраска) для этой же цели наряду с фагами были выделены являющиеся антагонистами бактерии Alcaligenes sp. и актиномицеты.