Отобранный по всем правилам средний образец семян высыпают на чистую поверхность (бумагу, стекло, фанерный лист), тщательно перемешивают и рассыпают в виде прямоугольника ровным слоем толщиной в 1—3 см для мелких семян и 3—5 см — для крупных.
После этого из 15—30 различных мест слоя, в зависимости от величины навески, маленькой ложечкой или совочком небольшими выемками отбирают навеску установленной величины, которая предназначена для определения чистоты семян. Выемки для малосыпучих семян берутся руками.
Полученную навеску взвешивают с точностью до 0,01 г для мелких семян (шелковица, береза) и до 0,4 г — для крупных (клены, ясени). Вес записывают. Затем навеску высыпают на стекло или гладкую плотную бумагу и разделяют на две фракции (части): 1) чистые семена исследуемой породы, 2) отходы семян исследуемой породы и примеси.
К отходу семян исследуемой породы и примесям относятся: мелкие и щуплые семена исследуемой породы, явно неспособные к прорастанию; раздавленные, разрезанные и поврежденные при обработке; с зародышем или эндоспермом, поврежденным вредителями; проросшие, за исключением семян дуба; семена других древесных и кустарниковых пород, не относящихся к исследуемой породе; семена сельскохозяйственных культур и трав, сорных растений (повилика и др.); мертвый сор: листья, хвоя, чешуйки, плодовые оболочки, прицветники, крылатки, комочки земли, мертвые насекомые — личинки и куколки; живой сор: живые личинки, куколки и насекомые.
Отобранные чистые семена взвешивают с указанной точностью. Этот вес, выраженный в процентах к первоначальному весу навески, дает чистоту семян.
Для контроля надо взвесить также отобранный сор и примеси и вес их также выразить в процентах от веса навески. Сумма процентов чистых семян и сора при отсутствии потерь должна быть равна 100% или очень близкой к ней. Отобранные чистые семена сохраняют для взятия из них семян на проращивание и определение веса 1000 штук.